En el antiguo Egipto, el jeroglífico que representaba la palabra "música" era el mismo que representaba los conceptos de alegría y bienestar. En los papiros se defendía que los cánticos podían curar la esterilidad, los dolores reumáticos y las picaduras de insectos.

Hacia el año 324 A.C., la música de la lira devolvió la cordura a Alejandro Magno. En el Antiguo Testamento se recuerda que David alivió la depresión del rey Saúl tocando el arpa. En la cultura helenística, los dolores de ciática y de la gota se aliviaban con música de flauta.

Pitágoras proponía que el sonido era el vínculo entre los dioses y los hombres. El descubrimiento del Sonido Sagrado en nuestro interior es la base, tanto del yoga mántrico, los intervalos pitagóricos, la música occidental clásica y moderna, los "ragas" indios, el canto budista, los ritmos sagrados de las tribus africanas y la música de danza de trance balinesa, como de otros sistemas de música y sonido.

En el siglo XIX se llevaron a cabo investigaciones científicas sobre los efectos fisiológicos de la música, midiendo sus incidencias sobre la respiración, el ritmo cardíaco, la circulación y la presión sanguínea, concluyendo que determinadas secuencias musicales conseguían aliviar dolores concretos.

En los años 40 del siglo XX se utilizaba como una rama de la medicina recuperativa, con el objetivo de producir efectos fisiológicos, afectivos y mentales y contribuir al mejor equilibrio psicofísico de las personas.

Hoy, en países como Estados Unidos, Inglaterra, España, Argentina y Brasil entre otros, la Musicoterapia es una disciplina científica ya establecida y aceptada por muchos centros de salud incluyendo hospitales, escuelas, centros comunitarios, y otros establecimientos médicos.